Tegen een octrooi kan binnen een bepaalde termijn na verlening een oppositie worden ingesteld, welke tot gevolg kan hebben dat het octrooi wordt herroepen of beperkt. Na deze termijn is het mogelijk om het octrooi geheel of gedeeltelijk te laten vernietigen door een bevoegde instantie zoals de rechtbank Den Haag voor Nederland. Deze procedures kunnen worden ingesteld als er bijvoorbeeld niet aan de vereisten van nieuwheid, inventiviteit en industriële toepasbaarheid is voldaan. Daarnaast zijn er nog enkele andere gronden die voor het instellen een procedure kunnen worden aangewend: 1) er is geen duidelijke beschrijving van de uitvinding is opgenomen in octrooi, die door de vakman kan worden begrepen en toegepast; 2) het onderwerp van het toegekende octrooi wordt niet gedekt door de ingediende aanvrage; 3) er is uitbreiding van de beschermingsomvang opgetreden na de verlening van het octrooi; 4) de houder van het octrooi heeft geen aanspraak op het octrooi (e.g. de houder is niet de uitvinder), 5) het onderwerp van de uitvinding bij wet is uitgesloten voor het verkrijgen van octrooi. Verder bestaat er in sommige gevallen (e.g. een Europese octrooiaanvrage) de mogelijkheid om tijdens de verleningsprocedure een third party observation in te dienen. Dit kan anoniem plaatsvinden en wordt door het Europees Octrooibureau meegenomen bij de beoordeling van de octrooiaanvrage in de verleningsprocedure.